كثير من الأحكام التي حصل عليها محمد مرسي وقيادات الإخوان المسلمين في عدد من القضايا التي يُحاكمون فيها ،وكانت أشد تلك الأحكام هو حكم الإعدام الذي حصل عليه مرسي في قضية الهروب من سجن وادي النطرون، وذلك في 16 يونيو عام 2015، حيث قضت المحكمة المنعقدة في أكاديمية الشرطة في ذلك الوقت، برئاسة المستشار شعبان الشامي بتحويل أوراق مرسي لفضيلة المفتي.
هذا وقد تقدم محمد مرسي والمتهمين معه بنقض على هذا الحكم، وقد أوصت نيابة النقض اليوم بقبول ذلك النقض هذا، وإذا تم قبول ذلك الطعن رسمياً سوف تعود القضية مرة أخرى من البداية، ويتم اعادة المحاكمة فيها أمام دائرة قضائية أخرى.
جدير بالذكر أن مرسي تتم محاكمته في خمسة قضايا هي الهروب من سجن وادي النطرون، وقضية التخابر مع قطر، وأحداث الإتحادية، والتخابر مع حماس، إهانة القضاء.